Vatnagarðahellir er skammt utan við merkin móti Lónakoti. Þau lágu um Vatnagarða. Þarna er fjárhellir, sem hlaðið hefur verið fyrir, og gengið hefur undir nafninu Vatnagarðahellir og Vatnagarðafjárskjól, syðst í Vatnagörðunum, sem eiginlega liggur í landi Óttarsstaða, sem og nokkrar tjarnanna ofan Lónakots. Líklegt má þó telja að Lónakotsbændur hafi löngum nýtt fjárskjólið, enda handhægara fyrir þá en Óttarsstaðabændur, sem hefðu þurft að fara um langan veg í skjólið. Annars voru fjárskjólin í Hraunum nýtt af útigangsfé fyrrum – þrátt fyrir landfræðilega afmörkun einstakra bæja. Vatnagarðahellir er dæmigert fjárskjól á Reykjanesskaganum, með munna mót vestri; í skjóli fyrir vondum vetrarveðrum.